En un pueblo ganadero de la montaña, dos hermanos Carlos (Miki Molina) y Paco (Antonio Castro), que mantienen una relación de fuerte dependencia mutua, comparten la paternidad de la hija de uno de ellos, una niña de 11 años. En las fiestas de verano del pueblo, llegan una multitud de forasteros al pueblo para disfrutar de los festejos, entre ellos, una mujer oriental llamada Keiko (Momoyo Miya) acompañada de un hombre (Carlos Bardem). Durnate la fiesta mientras todos bailan se produce un hecho violento y bastante extraño y el hombre se da por desaparecido. La mujer es acogida temporalmente en la casa de los hermanos. Al instante la niña, huérfana de madre, se sentirá atraída por la misteriosa personalidad de la recién llegada y Paco a su vez, se irá enamorando profundamente de ella... A partir de este momento, se sucederán nuevos acontecimientos atropelladamente y a partir de entonces, nada volverá ser igual... en la vida de todos ellos.

Código Natural es una película con un esquema de tensiones, amor y desamor, y relaciones de fuerza.